Zur Zeit gibt es 19 bekannte Zwerghamsterarten (Quelle: Wilson & Reeder: Mammal Species of the World. 1997). Zu betonen ist, dass der deutsche Name Zwerghamster kein Gattungsname im zoologischen Sinne ist. So wird die Art Tscherskia triton im Deutschen als Rattenartiger Zwerghamster bezeichnet, obwohl dieser bei einer Durchschnittsgröße von 18-25 cm kaum als Zwerghamster bezeichnet werden kann. Die Maushamster (Calomyscinae), früher als Mausartige Zwerghamster bezeichnet, bilden inzwischen eine eigene Unterfamilie und zählen nicht mehr zu den Hamstern.

Die bekanntesten Zwerghamsterarten sind: